Hola Nerea!
Gracias por buscar info tan útil.
Os comento al respecto mi opinión.
Malaria: En lo que respecta a las vacunas lo único que puedo deciros (no soy médico y los temas de salud son tan importantes que no se me ocurriría opinar) que lo suyo es concertar cita con tu centro de vacunación internacional y que le médico os diga las vacunas recomendable, obligatorias, etc…
Según la ruta orientativa, después de Manila iremos a Banaue en bus nocturno. Es la forma habitual de ir, la más económica y con la que se gana más tiempo.
En cuanto al buceo en El Nido, lo cierto es que no debemos tener las expectativas demasiado altas, no es, ni de lejos, el mejor sitio para bucear en Filipinas. Coron, está a seis horas en ferry de El Nido, es interesante por los pecios pero no espectacular a nivel de fauna.
Si queréis bucear y ver los mejores fondos, lo suyo es ir a Malapascua, Bohol o Cebu, pero eso supone cambiar la ruta y si todo el grupo no está de acuerdo no se puede hacer.
Si os parece en un tema aparte os paso la ruta orientativa y vamos comentando.
Un abrazo!